SDカードをアロケーションユニットサイズ32KBのFAT32でフォーマットするには
サイズの大きなストレージをWindowsでFAT32でフォーマットする際は「I-O DATA ハードディスクフォーマッタ」がとても重宝します。

でも、DSiにTWiLight Menu++を導入する際のSDカードにそれをやると、ゲームを起動するたびに、この記事のトップにあるような警告メッセージが出ます。
実際にアロケーションユニットサイズがどうなっているかを確認してみましょう。これにはパワーシェルで“chkdsk X:”(XはSDのドライブ番号)と入力するとわかります。
確かに16KBになってる。TWiLight Mwnu++の警告メッセージでは、アロケーションユニットサイズを32KBにしないと一部のゲームで起動がとても遅くなるよっていうふうに言われるんですが、自分が持ってるゲームがたまたまそうなのか、別に遅いと感じたことはありません。でも毎回このメッセージが出るのが嫌なので、アロケーションユニットサイズ32KBにしてFAT32でフォーマットしようと思います。
コマンドラインでやる方法もあるようなのですが、私はGUIでやってます。使うアプリは「FAT32 Format」ってやつ。開発者のホームページがなくなっているので、Webアーカイブにリンクを貼っています。リンク先に飛んで文章の下の方にある「There is an x64 build of Guiformat here.」の「here」をクリックしてダウンロードしてください。

パワーシェルで確認します。

これでTWiLight Menu++でゲームを起動するたびに警告メッセージが出なくなります。